Nous sommes en 2029, et les personnes mécaniquement augmentées vivent désormais en marge de la société.
Reconverti en agent secret d'élite, Adam Jensen se voit forcé d'agir dans un monde ne tolérant plus ses semblables. Équipé d'armes et d'augmentations de pointe, il va devoir choisir l'approche optimale et les meilleurs alliés pour mettre au jour une conspiration mondiale.